Κατ' αρχάς υπάρχει αυθαιρεσία διότι δεν εφαρμόστηκε η οικοδομική άδεια.

Για τον υπολογισμό του προστίμου δες τι γράφει στις επεξηγήσεις των συντελεστών στο Παράρτημα Α' του Ν.4178/13.
Συντελεστής Ύψους (6):
"Αφορά στο αυθαίρετο ύψος, που συγκρίνεται με το επιτρεπόμενο από τους όρους δόμησης ύψος που ισχύει στη θέση του ακινήτου.

Σε περίπτωση αυθαίρετου ύψους τμήματος κτηρίου, ως βάση αναφοράς για τον υπολογισμό του ενιαίου ειδικού προστίμου, λαμβάνεται η αντίστοιχη επιφάνεια του τμήματος του κτηρίου.

Στις περιπτώσεις υπέρβασης ύψους κτηρίου το οποίο εκ κατασκευής έχει κατανεμηθεί σε ορόφους, οι ιδιοκτήτες κάθε ορόφου είναι υπόχρεοι και αναφέρουν το τμήμα που τους αναλογεί.

6 (1) Αναγράφεται σε εκατοστά του μέτρου το αυθαίρετο ύψος υπέργειων κατασκευών, που δεν καλύπτεται
  • είτε από οικοδομική άδεια,
  • είτε από το ύψος του νομίμως υφιστάμενου τμήματος κτηρίου ή κτηρίου που βρίσκεται στην ίδια στάθμη με την αυθαίρετη κατασκευή,
  • είτε από το επιτρεπόμενο ύψος που ισχύει στην περιοχή του ακινήτου."

Άρα, στην περίπτωσή σου δεν πρέπει να αναγράψεις κάτι στο αντίστοιχο πεδίο (0 εκ.) καθότι το αυθαίρετο ύψος καλύπτεται από το επιτρεπόμενο ύψος.

Όμως, το αυθαίρετο ύψος είναι "< 20% του επιτρεπόμενου ύψους"

Συντελεστής Δόμησης (5):
"... * 5ε = 0,20 ή 0,40 ανάλογα με το ποσοστό υπέρβασης ύψους (§1 άρθρου 19).
Χρησιμοποιείται αποκλειστικά και μόνο σε περίπτωση υπέρβασης ύψους χωρίς υπέρβαση δόμησης οποιασδήποτε στάθμης (π.χ. νόμιμου υπογείου με βοηθητικές χρήσεις και αύξηση του ύψους του χωρίς να προκαλείται υπέρβαση ύψους στην ανωδομή)."

Όμως, στο πεδίο όπου αναγράφουμε το εμβαδόν χώρων κύριας χρήσης και μειωμένου συντελεστή μας λέει ότι:
"Αφορά σε επιφάνειες με κύρια χρήση, που δεν καλύπτονταν από οικοδομική άδεια."

Στην περίπτωσή σου όμως ο χώρος καλύπτεται από οικοδομική άδεια, οπότε;